2007年：决战时空之塔
为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人来到了白杨镇（网译阿拉莫斯镇）。当然跟踪在他们后面的还有向来在剧场版中戏份不多的火箭队。可是一登场就悲剧性地被附和气球和飘飘球吹跑了。
他们在镇上遇见了一个名叫艾丽丝的漂亮女孩。艾丽丝带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影子。巧遇的艾伯特男爵告诉他们，这是噩梦神奇宝贝达克莱伊。果然如他所言，达克莱伊出现在大家面前，又攻击了小智，使他陷入昏迷，在小智的梦境里，达克莱伊似乎想传达一些信息。
接着，达克莱伊再度现形于广场，用绝招让许多人和神奇宝贝陷入沉睡之中。艾伯特男爵为了捕获达克莱伊派出了突击队，却反而闹出了更大的乱子。
艾丽丝的好友东尼欧是天才建筑家古狄的曾孙。高第设计并建造了位于白杨镇中心的时空之塔，这里本来也是此次华丽大赛的会场。东尼欧在曾祖父的日记中发现了几行神秘的预言。正在此时，白杨镇发生了空间异常，所有的人都被封在了镇里。
原来，空间异常是神奇宝贝——掌管空间的帕路奇犽造成的。它在和另一只神奇宝贝——掌管时间的帝牙卢卡的战斗中受伤，逃到了这里。而达克莱伊察觉了帕路奇犽的存在，对之展开攻击，帝牙卢卡也追着帕路奇犽从异次元空间来到这里加入了混战。白杨镇因无法承受这场震动时空的大战，面临着毁灭的命运，小智一行人又该怎么办呢？
2008年：冰空的花束
反转世界是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。
那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳（网译冥王龙）栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，反转世界也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。另一方面，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有[花媚]之称的，感谢神奇宝贝洁咪（网译雪米）。
被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。洁咪用心电感应将小智一行带到了它的格拉西玳亚花园，并告诉他们在这[格拉西玳亚之花]中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了[次元旋涡]，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。
从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫无限的学者，他告诉小智等人不可以让冥龙王生气。正在小智一行在无限的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰[百万力霸]的谜之青年，ZERO出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过ZERO的追踪。格拉西玳亚之花中隐藏的秘密是什么？洁咪真正的力量又是？（该部特别篇中还出现了雷吉奇卡斯）
2010年：幻影的霸者索罗亚克
王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的『神奇宝贝足篮世界杯』，小智一行人向王冠市前进。 在旅途中，小智们与正在寻找同伴的神奇宝贝『索罗亚』（网译佐罗亚）相遇，并一起结伴同行。 就在此时，被称为『索罗亚克』（网译佐罗亚库）的神奇宝贝竟然化身成为雷公、炎帝、水君的模样，在王冠市的街道上大搞破坏。 就连相隔了20年再度回到这座城市的雪拉比，也面临了危险…。 王冠市到底面临着什么样的危机？幻影的霸者『索罗亚克』的身份究竟是？雪拉比的命运又会如何？小智和皮卡丘是否能够解救城里遭遇危险的神奇宝贝们？
2009年：超克的时空
小智一行、皮卡丘和波加曼走过一大片草地。他们来到一条河边，决定下去游泳。在水中，他们看到有西瓜顺水流往下游漂。他们刚捡起一个西瓜来，便看见一个男孩和一个蓝发女孩将网撒到水里。原来他们在用这种方法让西瓜变凉，虽然有几个西瓜漏了出去。小智和平时一样向他们发起了2对2的挑战，这次是皮卡丘和波加曼对阵狩猎凤蝶和赫拉克罗斯。战斗结束后大家一起吃了西瓜，然后小智一行离开。
接下来他们来到一座湖边。天空突然裂开，水流涌起形成一股龙卷风似的涡流，将除小刚以外的所有人卷了进去。小刚把小智和小光拉了出来，然而皮卡丘和波加曼却被涡流卷到高空，向天空的裂缝而去。西娜和凯文出现，看到了这一目。西娜开始祈祷，帝牙卢卡从自己的空间出现，将皮卡丘和波加曼从涡流中撞出来。小刚对西娜一见钟情，冲上去抓住西娜的手……不对，那个其实是不良蛙的爪子，于是不良蛙又把他毒倒掉了。
骑拉帝纳突然出现，用鬼火向帝牙卢卡发动袭击。两只神奇宝贝战斗了一段时间。西娜试图用她的心电感应力量与骑拉帝纳沟通，但骑拉帝纳在感应世界里回绝了西娜的调停并将她撞开，导致连接中断。小智走到骑拉帝纳面前，问它是否还记得自己。骑拉帝纳盯着小智看了一会儿，然后想起来自己在冰空的花束里载着小智飞的场面，于是暂停了对帝牙卢卡的攻击。西娜与两只神奇宝贝进行交流，消除了它们之间的矛盾。帝牙卢卡在空中转圈圈飞了一会儿，西娜说它对小智能阻挡住骑拉帝纳的攻击非常惊讶。
另一个时空中，一条巨大的裂痕划破空间。现实世界里，又一轮的水之龙卷风形成。帝牙卢卡被涡流卷入无法脱身。帕路奇犽从自己的时空中出现，救出了帝牙卢卡。西娜再次与神奇宝贝们交流，安慰它们的受伤的情绪，两只神奇宝贝于是和好。三只龙系神奇宝贝离开，各自回到自己的时空之中。
小智一行人跟着西娜和凯文来到一个房间里。西娜向他们展示了时空仪，并解释哪一个球体代表着哪一个时空。她说自己和凯文在调查阿尔宙斯（网译创世神）的传说以及这个镇子的历史。帕路奇犽将白杨镇恢复原状时，他们就在镇外。零的飞船坠毁后，他们二人也曾来到那座冰山前。西娜还把生命之宝玉拿出来给大家看，而站在门外的火箭队也一如既往地开始觊觎这块宝物……
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