383年谢安谢玄与苻坚苻融的对峙，纵加上朱序的穿插，只确定了南北朝的长期分裂，这次战役却不是构成分裂的主因。以后的发展也证明中国的重新统一必待人口相次固定，胡汉种族的界线逐渐漠减，巨家大室的力量也被压制，才能成为事实。从此次战役到隋文帝彻底统一中国，中间已经206年了。人们还要在战乱分裂中生活200多年。
第一阶段：淮南之战
太元三年（378年）二月，前秦王苻坚派征南大、都督征讨诸军事、守尚书令、长乐公苻丕，武卫苟长和尚书慕容率领七万步、骑兵进犯襄阳，让荆州刺史扬杨率领樊州、邓州的兵众作为前锋，征虏始平人石越率领一万精锐骑兵出鲁阳关，京兆尹慕容垂、扬武姚苌率领五万兵众出南乡，领军苟池、右毛当、强弩王显率领四万兵众出武当，会合攻打襄阳。分三路合围襄阳，总计投入兵力17万。
四月，前秦的军队抵达沔水以北，梁州刺史朱序认为前秦的军队没有舟船，未作防备。等到石越率领五千骑兵渡过汉水，朱序才惊惶固守中城。石越攻克了他的外城，缴获了一百多艘船只，用来接运其余的兵众。长乐公苻丕统领众将领攻打中城。
慕容垂攻下了南阳，抓获太守郑裔，与苻丕在襄阳会合。襄阳守将朱序死守近一年后，于太元四年（379年）二月城破被俘。苻坚又派彭超围攻彭城，秦晋淮南之战爆发。谢安在建康布防，又令谢玄率5万北府兵，自广陵起兵，谢玄四战四胜，全歼敌军。谢安因功封建昌县公，谢玄封东兴县侯。
第二阶段：淝水决战
太元八年（383年）五月，桓冲倾十万荆州兵伐秦，以牵制秦军，减轻对下游的压力。
八月初二，苻坚派遣阳平公苻融督帅张蚝、慕容垂等人的步、骑兵共二十五万人作为前锋，任命兖州刺史姚苌为龙骧，督益、梁州诸军事。
八月初八，苻坚发兵长安，亲率步兵六十万，骑兵二十七万，开始大举南侵。
九月，苻坚抵达项城，凉州的军队到达咸阳，梓潼太守裴元略率水师7万从巴蜀顺流东下，幽州、冀州的军队也抵达了彭城，东西万里，水陆并进。阳平公苻融等人的部队三十万人，先期抵达颍口。
东晋面对大军压境，下达诏令，任命尚书仆射谢石为征虏、征讨大都督，任命徐、兖二州刺史谢玄为前锋都督，与辅国谢琰西中郎将桓伊等人，统帅八万兵众抵抗前秦。并让龙骧胡彬带领五千水军援助寿阳。共分三路兵马北上迎击前秦军。
十月，前秦阳平公苻融等攻打寿阳。十八日，攻克寿阳，擒获平虏徐元喜等人。慕容垂攻下了郧城。苻融进军攻打胡彬退守的硖石。前秦卫梁成等率领五万兵众驻扎在洛涧，沿淮河布防以遏制东面的部队。
苻坚自认为能速战速决，并派已是前秦尚书的朱序前去劝降谢石，朱序却私下提示谢石宜先发制人，击溃前秦的先锋部队。他说：“秦军虽有百万之众，但还在进军中，如果兵力集中起来，晋军将难以抵御。现在情况不同，应趁秦军没能全部抵达的时机，迅速发动进攻，只要能击败其前锋部队，挫其锐气，就能击破秦百万大军。”谢石起初认为秦军兵强大，打算坚守不战，待敌疲惫再伺机反攻。听了朱序的话后，认为很有道理，便改变了作战方针，决定转守为攻，主动出击。
十一月，谢玄派广陵相刘牢之率领五千精兵开赴洛涧，，揭开了淝水大战的序幕。秦将梁成扼守山涧布署兵阵迎击。刘牢之取得洛涧大捷，斩杀了梁成以及弋阳太守王咏，秦军折损十名大将及五万主力。又派部队阻绝了淮河渡口，歼灭前秦军队一万五千人，抓获了前秦扬州刺史王显等人。
晋军西行，与秦军对峙淝水。12月有人向苻坚建议后退决战。诸秦将认为阻敌淝水畔比较安全，但苻坚认为半渡而击可主动对决。
当秦军后移时，晋军渡水突击。朱序在秦军阵后大叫：“前线的秦军败了！”，秦军阵脚大乱，随后晋军全力出击，大败秦军。谢玄、谢琰和桓伊率领晋军七万，战胜了苻坚和苻融所统率的前秦十五万大军，并阵斩苻融。
苻坚亲率步兵60万、骑兵27万、羽林郎（禁卫军）3万，共90万大军从长安南下，绵延数千里，水陆齐进，仅运粮船只就有万艘。同时，苻坚又命梓潼太守裴元略率水师7万从巴蜀顺流东下，向建康进军。东晋北上抗击秦军的总共兵力才8万，在宰相谢安的主持下，以谢石为大都督，谢玄为前锋，主力军队是北府兵（主要由流亡江南的北方汉族人口构成）。
淝水之战前段的洛涧大捷，显示了北府军的强大战斗力，这才是真正的不可思议的地方。刘牢之率领5000北府军主动渡河攻击对方的5万前秦军，这种属于自杀性攻击行为的战斗，竟然还可以取得大胜，这确实是很不可思议的现象。
淝水之战这样的奇迹产生，还来源于晋军的低损失率，只伤亡了5000人，就取得战胜几十万秦军的效果，并且促使秦军大约死亡15万人的良好战绩。从伤亡比例情况上看，淝水之战确实是战争奇迹。
太元八年（383年）七月，苻坚下令平民每10人出兵1人，富豪人家20岁以下的从军子弟，凡强健勇敢的，都任命为禁卫军军官。并扬言说：“我们胜利了，可以用俘虏来的司马昌明（即晋孝武帝）做尚书左仆射，谢安做吏部尚书，桓冲做侍中。看情况，得胜还师指日可待，可提前替他们建好官邸。”志骄意满之态，溢于言表。
八月，苻坚亲率步兵60万，骑兵27万、羽林郎（禁卫军）3万，计90万大军，在东西长达几千公里的战线上，水陆并进，南下攻晋。东晋王朝在强敌压境、面临生死存亡的紧急关头，决意奋起抵抗。他们一方面缓解内部矛盾，另一方面积极部署兵力，制定正确的战略战术方针，以抗击前秦军队的进犯。
晋孝武帝司马曜在谢安等人的强有力辅弼下任命桓冲为江州（今湖北东部和江西西部）刺史，控制长江中游，阻扼秦军由襄阳南下。任命谢石为征讨大都督，谢玄为前锋都督，统率经过7年训练，有较强战斗力的“北府兵”8万沿 淮 河西上，遏制秦军主力的进攻。又派遣胡彬率领水军5000增援战略要地寿阳（今安徽寿县），摆开了与前秦大军决战的态势。
同年十月十八日，苻融率领前秦军前锋攻占寿阳，生擒晋平虏将军徐元喜等人。与此同时，慕容垂部攻占了郧城（今湖北安陆县境）。晋军胡彬所部在增援的半道上得悉寿阳失陷的消息，便退守硖石（今安徽凤台县西南）。苻融又率军尾随而来，攻打硖石。苻融部将梁成率兵五万进抵洛涧（今安徽怀远县境内），并在洛口设置木栅，阻断淮河交通，遏制从东西增援的晋军。
胡彬困守硖石，粮草乏绝，难以支撑，便写信请求谢石驰援，可是此信却被前秦军所截获。苻融及时向苻坚报告了晋军兵力单薄、粮草缺乏的情况，建议前秦军迅速开进，以防晋军逃遁。苻坚得报，便把大部队留在坎城，亲率骑兵8000驰抵寿阳，并派遣原东晋襄阳守将朱序到晋军中劝降。朱序到了晋军营阵后，不但没有劝降，反而向谢石等人密告了前秦军的情况，并建议谢石等人不要延误战机，坐待前秦百万大军全部抵达后束手就擒，而要乘着前秦军各路人马尚未集中的机会，主动出击。他指出只要打败前秦军的前锋，挫伤它的士气，前秦军的进攻就不难瓦解了。谢石起初对前秦军的嚣张气焰心存一定的惧意，打算以固守不战来消磨前秦军的锐气。听了朱序的情况介绍和作战建议后，便及时改变作战方针，决定转守为攻，争取主动。
十一月，晋军前锋都督谢玄派猛将刘牢之率领精兵5000迅速奔赴洛涧。前秦将梁成在洛涧边上列阵迎击。刘牢之分兵一部迂回到前秦军阵后，断其归路；自己率兵强渡洛水，猛攻梁成的军队。前秦军腹背受敌，抵挡不住，主将梁成阵亡，步骑5万人土崩瓦解，争渡淮水逃命，1.5万多人丧生。晋军活捉了前秦扬州刺史王显等人，缴获了前秦军的大批辎重、粮草。洛涧遭遇战的胜利，挫抑了前秦军的兵锋，极大地鼓舞了晋军的士气。谢石乘机命诸军水陆并进，直逼前秦军。苻坚站在寿阳城上，看到晋军部阵严整，又望见淝水东面八公山上的草和树木，以为也是晋兵，心中顿生惧意，对苻融说：
“这明明是强敌，你怎幺说他们弱不堪击呢？”
前秦军洛涧之战失利后，沿着淝水西岸布阵，企图从容与晋军交战。谢玄知己方兵力较弱，利于速决而不利于持久，于是便派遣使者激将苻融说：“将军率领军队深入晋地，却沿着淝水布阵，这是想打持久战，不是速战速决的方法。如果您能让前秦兵稍稍后撤，空出一块地方，使晋军能够渡过淝水，两军一决胜负，这不是很好吗？”前秦军诸将都认为这是晋军的诡计，劝苻坚不可上当。但是苻坚却说：“只引兵略微后退，待他们一半渡河，一半未渡之际，再用精锐骑兵冲杀，便可以取得胜利。”于是苻融便答应了谢玄的要求，指挥秦军后撤。前秦军本来就士气低落，内部不稳，阵势混乱，指挥不灵，这一撤更造成阵脚大乱。朱序乘机在前秦军阵后大喊：
“秦军败了！秦军败了！”前秦军听了信以为真，遂纷纷狂跑，争相逃命。东晋军队在谢玄等人指挥下，乘势抢渡淝水，展开猛烈的攻击。苻融眼见大势不妙，骑马飞驰巡视阵地，想整顿稳定退却的士兵，结果马倒在地，被追上的晋军手起刀落，一命呜呼。前秦军全线崩溃，完全丧失了战斗力，晋军乘胜追击，一直到达青冈（在今寿阳附近）。前秦军人马相踏而死者，满山遍野，堵塞大河。活着的人听到风声鹤唳，以为是晋兵追来，更没命地拔脚向北逃窜。是役，秦军被歼灭的十有八九，苻坚本人也中箭负伤，仓皇逃至淮北。
淝水之战的结果，是使得东晋王朝的统治得到了稳定，有效地遏制了北方少数民族贵族南下侵扰，为江南地区社会经济的恢复和发展提供了必要的契机，这场战争对于前秦政权和苻坚本人来说，则是促使北方地区暂时统一局面的解体。慕容垂、姚苌等氏族贵族重新崛起，乘机肢解了前秦的统治，苻坚本人也很快遭到了身死国灭的悲惨下场。
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